Ne possédant pas de reproduction sexuée, la notion d'espèce chez les microorganismes est très longtemps restée basée sur des critères morphologiques.
Toujours basé sur la notion d'horloge moléculaire, un marqueur très conservé et présent chez tous les microoragnismes a été choisi en raison de son faible taux de mutation: le gène codant pour la petite sous unité ribosomale 16S: 16SrDNA.

Nous allons contruire un arbre des espèces suivantes en récupérant les séquences de ce gènes au sein de la genbank.

>BapSg	Buchnera aphidicola Sg
>BspAPS	Buchnera aphidicola APS
>CFT073	Escherichia coli CFT073 (UPEC)
>ECH3937	Erwinia chrysanthemi 3937
>EcoRIMD	Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC)
>EDL933	Escherichia coli EDL933 (EHEC)
>MG1655	Escherichia coli K-12 MG1655
>PluTTO1	Photorhabdus luminescens TTO1
>PstDC3000	Pseudomonas syringae DC3000
>Sbo227	Shigella boydii 227
>SCRI1043	Erwinia carotovora SCRI1043
>Sdy197	Shigella dysenteriae 197
>SenChB67	Salmonella Choleraesuis SC-B67
>SenCT18	Salmonella Typhi CT18
>SenLT2	Salmonella Typhimurium LT2
>SenPA9150	Salmonella Paratyphi_A ATCC9150
>SenTy2	Salmonella Typhi Ty2
>Sfl2457T	Shigella flexneri 2457T
>Sfl301	Shigella flexneri 301
>Sso046	Shigella sonnei 046
>Wbrevi	Wigglesworthia brevipalpis
>YP91001	Yersinia pestis 91001
>YPCO92	Yersinia pestis CO92
>YPKIM	Yersinia pestis KIM
>Ypt32953	Yersinia pseudotuberculosis IP32953

Les gènes et leurs séquences associées sont les suivants:

• atpD (fichier)
• bioB (fichier)
• carA (fichier)
• dnaJ (fichier)
• murA (fichier)
• rpoB (fichier)

Générez et comparez 3 arbres d'espèces à partir de l'alignement des 27 gènes orthologues. Lequel vous semble le plus proche de la phylogénie 16S?

Une technique plus fine et plus robuste pour faire des études de phylogénies est d'utiliser les séquences de plusieurs gènes en meme temps: on parle de superarbre ou d'arbre concaténés.

Pour réaliser cete approche voici le fichier des 6 gènes concaténés.
Recommencez l'analyse avec l'ensemble des gènes concaténés, comparez et interprétez...