Exercice 3
| >EccWPP14 | ||
| >BapSg | Buchnera aphidicola Sg | |
| >BspAPS | Buchnera aphidicola APS | |
| >CFT073 | Escherichia coli CFT073 (UPEC) | |
| >ECH3937 | Erwinia chrysanthemi 3937 | |
| >EcoRIMD | Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) | |
| >EDL933 | Escherichia coli EDL933 (EHEC) | |
| >MG1655 | Escherichia coli K-12 MG1655 | |
| >PluTTO1 | Photorhabdus luminescens TTO1 | |
| >PstDC3000 | Pseudomonas syringae DC3000 | |
| >Sbo227 | Shigella boydii 227 | |
| >SCRI1043 | Erwinia carotovora SCRI1043 | |
| >Sdy197 | Shigella dysenteriae 197 | |
| >SenChB67 | Salmonella Choleraesuis SC-B67 | |
| >SenCT18 | Salmonella Typhi CT18 | |
| >SenLT2 | Salmonella Typhimurium LT2 | |
| >SenPA9150 | Salmonella Paratyphi_A ATCC9150 | |
| >SenTy2 | Salmonella Typhi Ty2 | |
| >Sfl2457T | Shigella flexneri 2457T | |
| >Sfl301 | Shigella flexneri 301 | |
| >SonMR-1 | >SonMR-1 | |
| >Sso046 | Shigella sonnei 046 | |
| >Wbrevi | Wigglesworthia brevipalpis | |
| >YP91001 | Yersinia pestis 91001 | |
| >YPCO92 | Yersinia pestis CO92 | |
| >YPKIM | Yersinia pestis KIM | |
| >Ypt32953 | Yersinia pseudotuberculosis IP32953 | |
Les gènes et leurs séquences associées sont les suivants:
Générez et comparez 3 arbres d'espèces à partir de l'alignement des 27 gènes orthologues. Lequel vous semble le plus proche de la phylogénié
Les Cichlidés sont une famille de poissons d'eau douce. Nous nous intéressons à leur évolution dans deux grands lacs d'Afrique de l'Est: le lac Malawi et le lac Tanganyika. Nous travaillerons plus spécialement sur douze espèces, six vivant dans le lac Tanganyika, et six dans le lac Malawi.
- Petrochromis sp, Bathybates ferox, lobochilotes labiatus, Tropheus brichardi, Cyphotilapia frontosa et Julidochromis ornatus pour le lac Tanganyika ;
- Petrotilapia sp., Rhamphochromis sp., Placidochromis milomo, Pseudotropheus microstoma, Cyrtocara moori et Melanochromis auratus pour le lac Malawi.
Ce qui est mystérieux, et que nous tacherons d'élucider, c'est que ces douze espèces se ressemblent deux à deux. A chaque espèce du lac Tanganyika (T), on peut associer une espèce du lac Malawi (M) sur des critères morphologiques:
| Tanganyika | Malawi | Ressemblances |
| Petrochromis sp | Petrotilapia sp. | Herbivore très efficace, adapté au raclage des algues, même habitat |
| Bathybates ferox | Rhamphochromis sp. | Gros prédateurs pélagiques, même morphologie hydrodynamique |
| lobochilotes labiatus | Placidochromis milomo | Prédateurs pétricoles, grosses lêvres charnues et molles |
| Tropheus brichardi | Pseudotropheus microstoma | Herbivore, bouche infère et dents bicuspides, petite taille |
| Cyphotilapia frontosa | Cyrtocara moori | Les mâles portent une bosse frontale |
| Julidochromis sp. | Melanochromis auratus | Rayures horizontales sur le corps |
Deux scénarios évolutifs différents sont possibles pour expliquer cet état de fait:
- Convergence des caractères: Il y a eu évolution indépendante des poissons dans les deux lacs. Les caractères similaires sont dus au milieu similaire dans lequel les poissons vivent. Ces organismes ont subi indépendemment les mêmes pressions évolutives. Le lac Tanganyika est plus ancien que le lac Malawi. On peut supposer qu'il y a d'abord eu une migration de T vers M, puis évolution indépendante dans les deux lacs.
- Homologie: toutes les ressemblances sont dues à l'existence
d'un ancêtre commun. Il y a donc eu plusieurs évenements de migration de T
vers M (un pour chaque
espèce).
Votre but est de déterminer quelle hypothèse est la plus vraisemblable en vous basant sur une analyse phylogénétique.
Voici les 12 séquences : all.fas.
Q 1. Comme précédememnt, faites l'analyse avec Clustalw et MEGA.
Q 2. Pour enraciner l'arbre précédent, et avoir d'avantage de confiance dans le scénario évolutif proposé, il faut utiliser un groupe externe (outgroup). On vous propose deux jeux de séquences de la famille des Cichlidés, l'un provenant de l'espèce Geophagus brasiliensis d'Amérique du Sud (newworld.fas), l'autre de l'espèce Cyprichromis Leptosoma de l'île de Malasa située dans le lac Tanganyika. (malasaisland.fas). Lequel des deux jeux utiliser pour l'enracinement? Pour quelle raison? Construire l'arbre phylogénétique de l'ensemble, et trouver l'enracinement de l'arbre des 12 espècesQ 3. Depuis environ quelle période les espèces de Cichlidés d'Amérique du Sud ont-elles divergé de leurs cousins éloignés d'Afrique ? Vous pouvez vous aider de ce site.
Q 4. Pour conclure, le site Tree of Life permet de voyager dans l'arbre phylogénétique des espèces. Localisez y le super-odre des Cichlidés, en vuos aidant éventellement de ces informations.