2008 |
Doctorat MicrobiologieUniversité de Bretagne Occidentale, Brest, France |
2003 |
DEA ASFEGApproches structurales fonctionnelles et évolutives des génomes Université Paris XI, Orsay, France |
2002 |
Maîtrise de BiochimieOption microbiologie Université François Rabelais, Tours, France |
2001 |
Licence de BiochimieOption bioinformatique Université François Rabelais, Tours, France |
2000 |
DEUG Sciences de la VieUniversité François Rabelais, Tours, France |
1998 |
Baccalauréat SOption informatique Lycée Claude de France, Romorantin, France |
2017 |
Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistanceTechnical University of Denmark via coursera. |
2016 |
Principles, Statistical and Computational Tools for Reproducible ScienceHarvard University via edx. |
2014 |
Data Analysis for GenomicsMassachusset Institut of Technologie, PH525X, via edx Notes de cours - exams |
Data SciencesUniversity of Washington, via Coursera Notes de cours - exams |
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Statistique avec RUniversité Paris-Sud, via France Université Numérique. Notes de cours - exams |
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2013 |
Computing Molecular EvolutionTechnical University of Denmark via coursera. |
Bioinformatics AlgorithmsUniversity of California San Diego, via coursera. |
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Computing Science and processingUniversité Paris-Sud, via France Université Numérique. |
12.2017 07.2015 | Sequençage de 384 génomes de Brucella: Evolution, Génotypage et épidémiologieChercheur contractuel, projet sur fonds ANR ASTRID Maturation UMR ISP Infectiologie et Santé Publique, INRA/Université François Rabelais - Tours - France. Supervisors: M.Zygmunt & A. Cloeckaert |
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Synthèse wiki | |
06.2015 01.2014 | Développeur Web & Bases de donnéesAuto-entrepreneur |
02.2013 06.2010 | Whole genome sequencing and exploration of genomic diversity of 63 Borrelia burgdorferi sl isolatesChercheur contractuel, projet sur fonds européens FEDER Epia, UR INRA Clermont-Ferrand - France. Supervisors: G.Vourch & X. Bailly |
Synthèse wiki | |
11.2008 10.2007 | CRISPR detection in bacterial genomesATER Temps plein, UBO : Université de Bretagne Occidentale, ESMISAB LM2E, UMR6197 IFREMER/UBO/CNRD Plouzané - France |
Synthèse wiki | |
10.2007 11.2006 | Abundance & genomic diversity of genetic elements of ThermococcalesATER Temps plein, UBO : Université de Bretagne Occidentale, Faculté des Sciences LM2E, UMR6197 IFREMER/UBO/CNRD Plouzané - France |
Synthèse wiki | |
11.2006 10.2003 | Abundance & genomic diversity of genetic elements of ThermococcalesDoctorant en Microbiologie, bourse région Bretagne LM2E, UMR6197 IFREMER/UBO/CNRD Plouzané - France Supervisor: L.Segalat |
Synthèse wiki | |
07.2003 01.2003 | Transposition study of polymorphic Tc1 transposons in C. elegansStage de DEA, génomique CGMC, UMR5534 - CNRS/Lyon1 Lyon- France. Supervisor: L.Segalat |
Synthèse wiki | |
11.2002 12.2002 | Inactivation of potentially mitochondrial based genes implyied in pathologies by RNAi in C. elegansStage de DEA, génomique IGM, Université Paris XI - France. Supervisor: E.Culetto |
Synthèse wiki | |
11.2006 10.2003 | Comparative analysis of sequence similiraty versus structure deviation amongst protein familiesStage de Maitrise, bioinformatics CEPR UMR1100, INSERM/Université François Rabelais - Tours - France. Supervisor: T. Moreau |
Synthèse wiki |
2022 |
Open Source CLinostat 3DBLANCHARD JP., GONNET M., CHARDRONNET E. BAILLY X. TURSIC M |
2019 |
The global distribution and evolutionary history of the pT26-2 archaeal plasmid familyBADEL C., ERAUSO G., GOMEZ A., CATCHPOLE R, GONNET M., OBERTO J., FORTERRE P., DA CUNHA V.Environ Microbiol. 2019 Dec;21(12):4685-4705.doi: 10.1111/1462-2920.14800 |
2018 |
Genetic and Phenotypic Characterization of the Etiological Agent of Canine Orchiepididymitis Smooth Brucella sp. BCCN84.3GUZMÁN-VERRI C., SUÁREZ-ESQUIVEL M., RUÍZ-VILLALOBOS N., ZYGMUNT MS., GONNET M., CAMPOS E., VÍQUEZ-RUIZ E., CHACÓN-DÍAZ C., ARAGÓN-ARANDA B., CONDE-ÁLVAREZ R., MORIYÓN, BLASCO JM., MUÑOZ PM, BAKERF KS., THOMSON NR., CLOECKAERT A., MORENO E.Front Vet Sci. 2019 Jun 7;6:175. doi: 10.3389/fvets.2019.00175 |
2017 |
Complete genome sequences of two Escherichia coli phages, vB_EcoM_ ESCO5 and vB_EcoM_ESCO13, which are related to phAPEC8.TROTEREAU A., GONNET M., VIARDOT A., LALMANACH AC., GUABIRABA R., CHANTELOUP NK., SCHOULER C.Genome Announc. 2017 Mar 30;5(13). pii: e01337-16. doi: 10.1128/genomeA.01337-16. |
2016 |
A toxin antitoxin system promotes the maintenance of the IncA/C-mobilizable SGI1, Salmonella Genomic Island 1HUGUET K., GONNET M., DOUBLET B., CLOECKAERT A. |
2014 |
Comparative population genomics of the Borrelia burgdorferi species complex reveals high degree of genetic isolation among species and underscores benefits and constraints to studying intra-specific epidemiological processesJACQUOT M., GONNET M., FERQUEL E., ABRIAL D., GASQUI P. SERTOUR N., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X. |
2013 |
Insights into dynamics of mobile genetic elements in hyperthermophilic environments from five new Thermococcus plasmidsKUPROVIC M., GONNET M., HANIA WB., FORTERRE P., ERAUSO G. |
2011 |
pAMT11, a novel plasmid isolated from a Thermococcus sp. strain closely related to the virus-like integrated element TKV1 of Thermococcus kodakaraensis genomeGONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.Research in microbiology, 162(2):132-43 Elsevier Ed, doi:10.1016 |
2009 |
CRISPRI: a CRISPR interactive databaseROUSSEAU C., GONNET M., LE ROMANCER M., NICOLAS J.Bioinformatics, vol 25 n°24, p. 3317-3318, Oxford University Press, DOI:10.1093 |
2005 |
Deep Sea Thermococcales and their genetic elements: plasmids and viruses.PRIEUR D., ERAUSO G., FLAMENT D., GAILLARD M., GESLIN C., GONNET M., LE ROMANCER M., FORTERRE P.Methods in Microbiology, vol 35, Elsevier Ed, doi:10.1016 |
2016 |
15th Medical Biodefense conferenceA novel Brucella species isolated from a dof in Costa Rica ZYGMUNT MS., GONNET M., SCHOLZ HC., VERGNAUD G., CLOECKAERT A.Bundeswehr Medical Academy, Munich, Germany, 26-29 april 2016 |
FéRi, Fédération de recherche en infectiologie 2016Caractérisation de coliphages et potentiel thérapeutique VIARDOT A., TROTEREAU A., MOREAU S., GONNET M., DREZEN JM., SCHOULER C.Bundeswehr Medical Academy, Munich, Germany, 26-29 april 2016 |
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2013 |
8ème Rencontres du REID Réseau Ecologie et Interactions DurablesPopulation genomics of Borrelia burgdorferi sensu lato isolates GONNET M., PYTHON M., FERQUEL E., CLAUDE A.,GASQUI P., ABRIAL D., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X.Sciences Agro, Bordeaux, France, 4-6 february 2013 |
2011 |
XIth Animal Health daysPopulation genomics of Borrelia burgdorferi sensu lato isolates GONNET M., ABRIAL D., FERQUEL E., GASQUI P., SERTOUR N., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X.Azureva, Fréjus, France, 22-25 may 2011 |
2008 |
Genomics and Ecology of Aquatic VirusesExploring the diversity of mobile genetic elements of deep-sea Thermococcales GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.REX Marine Genomics, Banyuls-sur-mer, France, 11-13 february 2008 |
Genomics and Ecology of Aquatic VirusesDiversity of mobile genetic elements of hyperthermophilic Archaea GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.Institute of Biology, Bucarest, Romania, 18-19 september 2008 |
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2007 |
Jacques Monod Conferences - GenomicsExploring the diversity of mobile genetic elements of deep-sea Thermococcales GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.Station biologique, Roscoff, France, 9-13 june 2007 |
2006 |
International Marine Genomics conferenceUnexpected abundance and diversity of plasmids in deep-sea hyperthermophiles: a reservoir for novel gene families? GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D.REX Marine Genomics, Sorrento, Italie, 28 oct - 1 nov 2006 |
Plasmid biologyUnexpected abundance and diversity of plasmids in deep-sea hyperthermophiles: a reservoir for novel gene families? GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D.International Society of Plasmid Biology, Stanford Camp, Californie, 23-27 sept 2006 |
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6th International Congress on ExtremophilesAbundance and diversity of plasmids in deep-sea hyperthermophiles: a reservoir for novel gene families? GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D.International Society of Extremophiles, Brest, France, 17-21 sept 2006 |
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11th International Symposium on Microbial EcologyComparative genomic of plasmids from Thermoccocales GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D.International Society of Microbial Ecology, Vienne, Autriche, 20-25 august 2006 |
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2005 |
Thermophiles 2005Comparative genomic of plasmids of Thermococcales GONNET M., TOFFIN A., LE ROMANCER M., PRIEUR D., ERAUSO G.Griffith University, Gold Coast, Australie, 18-22 september 2005 |
2004 |
2ème Colloque d'Ecologie MicrobienneGénomique comparée de quatre plasmides de Thermococcales. GONNET M., ERAUSO G., LE ROMANCER M., CHEVEREAU M., PRIEUR D.Sociéte Française de Microbiologie, Obernai, France, 9-12 may 2005 |
2007-2008 | Associate professor - ESIAB Ecole Supérieure d'ingénieurs en Agroalimentaire
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2006-2007 | Associate professor - Université de Bretagne Occidentale
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2005-2006 | Part-time lecturer - Université de Bretagne Occidentale
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Les procaryotes, que ce soient Bactéries ou Archaea, sont la composante la plus importante du Vivant aussi bien par leur quantité, leur diversité ou implications dans les écosystèmes.
Au niveau de la biosphère, ils ont un rôle primordial dans la composition des océans et de l'atmosphère par leur implication dans les cycles géochimiques
Au niveau écologie, les bactéries sont une clé dans le processus de régulation des populations.
Les recherches actuelles montrent que l'ensemble des espèces, qu'elles soient animales, végétales ou bien insectes, vivent en fait en symbioses avec des communautés bactériennes. Bien que les humains aiment à se penser en tant qu'individus finis, ils abritent en dix et cent fois plus de micro-organismes qu'ils ne contiennent de cellules. Ce microbiote est considéré comme un véritable organe présentant un nombre gènes plus important que l'organisme qui l'héberge. De nombreuses clés de compréhension des espèces évoluées passe indubitablement par la connaissance de cette incroyable diversité
La théorie de l'évolution implique une sélection des individus au sein d'un environnement vis-à-vis de son patrimoine héréditaire. Depuis l'avènement des techniques de biologie moléculaire, la génétique s'intéressant de manière ciblée à certains gènes laisse peu à peu place à une vision plus globale de l'ensemble des gènes.
Au delà de la vision fixiste des génomes qu'apporte la séquence, je porte un intérêt particulier pour leur fenêtre dynamique évolutive notamment par l'activité des éléments génétiques et de leur importance dans les transferts horizontaux.
Fasciné par la lecture du Gène égoïste de Dawkins, je me plais à considérer le gène comme un individu où le génome devient une communauté d'individus en interactions.
L'incroyable quantité de données générées par les différentes techniques, notamment celle de séquençages, font de l'ordinateur en nouvel outil central du biologiste. L'accroissement de la production de séquences est supérieur à celle de la puissance de ordinateurs (loi de Moore)
La construction de bases de données permet de l'accessibilité et la pérennité des données. Le traitement étant exploratoire et tributaire des hypothèses scientifiques, une pléthore d'outils sont agrégés par l'écriture de scripts python et bash dont la quintescence des résultats peut être tirée au moyen de scripts R.
Travaillant en équipe, la pérénité de ces données est partagée par l'intermédiaire d'interface web et autres wiki.
A ce titre, passioné d'internet et de développement depuis l'adolescence, j'exerce l'activité de développeur web freelance.
Actif dans le milieu de l'open-source et des fablabs, je suis également capable de dessiner et construire des systèmes de datalogging/processing basés sur différents types de microcontroleurs tels qu'Arduino