Il est également possible de prédire la localisation de la protéine au sein de la cellule.
En effet il existe des séquences particulière en Nterm des protéines nommées peptide signal permettant d'adresser la protéine. Ce peptide signal est clivé une fois que la protéine est adressée.

Utilisez SignalP pour prédire l'existence d'un tel peptide signal.