Nous allons étudier trois protéines

• Une protéine de Escherichia coli qui porte deux fonctions enzymatiques (EC 4.1.1.48 en Nterminal et EC 5.3.1.24 en Cterm) 
• Une protéine de Xylella fastidiosa qui portant la fonction EC 4.1.1.48
• Une protéine de Xylella fastidiosa qui portant la fonction EC 5.3.1.24

Nous allons tester si les programmes d'alignement multiple retrouvent bien cette configuration. 

Alignez les trois séquences à l'aide de chacun des trois programmes.

Quels programmes construisent l'alignement multiple attendu ?

En modifiant les paramètres de dialign, il est possible d'améliorer la qualité de l'alignement. Dialign recherche des régions de forte ressemblance entre les séquences pour ancrer son alignement. 

Le paramètre T permet d'agir sur la sélection de ces régions. En augmentant la valeur de T, on force Dialign à choisir des régions de plus forte ressemblance.

Testez Dialign avec la valeur 4 pour T.