Exercice 3
Le but de cet exercice est la réalisation d'un arbre d'Erwinia carotovora en utilisant 6 genes prédits dans le génome d'EccWPP14 et leur orthologues provenant de 26 autres espèces.
Les gènes et leurs séquences associées sont les suivants:
Générez et comparez 3 arbres d'espèces à partir de l'alignement des 27 gènes orthologues. Lequel vous semble le plus proche de la phylogénie 16S? Pourquoi?
>EccWPP14 | ||
>BapSg | Buchnera aphidicola Sg | |
>BspAPS | Buchnera aphidicola APS | |
>CFT073 | Escherichia coli CFT073 (UPEC) | |
>ECH3937 | Erwinia chrysanthemi 3937 | |
>EcoRIMD | Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) | |
>EDL933 | Escherichia coli EDL933 (EHEC) | |
>MG1655 | Escherichia coli K-12 MG1655 | |
>PluTTO1 | Photorhabdus luminescens TTO1 | |
>PstDC3000 | Pseudomonas syringae DC3000 | |
>Sbo227 | Shigella boydii 227 | |
>SCRI1043 | Erwinia carotovora SCRI1043 | |
>Sdy197 | Shigella dysenteriae 197 | |
>SenChB67 | Salmonella Choleraesuis SC-B67 | |
>SenCT18 | Salmonella Typhi CT18 | |
>SenLT2 | Salmonella Typhimurium LT2 | |
>SenPA9150 | Salmonella Paratyphi_A ATCC9150 | |
>SenTy2 | Salmonella Typhi Ty2 | |
>Sfl2457T | Shigella flexneri 2457T | |
>Sfl301 | Shigella flexneri 301 | |
>SonMR-1 | >SonMR-1 | |
>Sso046 | Shigella sonnei 046 | |
>Wbrevi | Wigglesworthia brevipalpis | |
>YP91001 | Yersinia pestis 91001 | |
>YPCO92 | Yersinia pestis CO92 | |
>YPKIM | Yersinia pestis KIM | |
>Ypt32953 | Yersinia pseudotuberculosis IP32953 |
Les gènes et leurs séquences associées sont les suivants:
Générez et comparez 3 arbres d'espèces à partir de l'alignement des 27 gènes orthologues. Lequel vous semble le plus proche de la phylogénie 16S? Pourquoi?