Exercice 2






Ne possédant pas de reproduction sexuée, la notion d'espèce chez les microorganismes est très longtemps restée basée sur des critères morphologiques.

Toujours basé sur la notion d'horloge moléculaire, un marqueur très conservé et présent chez tous les microoragnismes a été choisi en raison de son faible taux de mutation: le gène codant pour la petite sous unité ribosomale 16S: 16SrDNA.

Retracez l'histoire évolutive de ces microorganismes en récupérant les séquences 16S des microorganismes listez ci-dessous (vous pouvez ajouter des séquences d'autres microorganismes si vous le désirez)

Récupérez les


>BapSg Buchnera aphidicola Sg
>BspAPS Buchnera aphidicola APS
>CFT073 Escherichia coli CFT073 (UPEC)
>ECH3937 Erwinia chrysanthemi 3937
>EcoRIMD Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) 
>EDL933 Escherichia coli EDL933 (EHEC)
>MG1655 Escherichia coli K-12 MG1655
>PluTTO1 Photorhabdus luminescens TTO1
>PstDC3000 Pseudomonas syringae DC3000
>Sbo227 Shigella boydii 227
>SCRI1043 Erwinia carotovora SCRI1043
>Sdy197 Shigella dysenteriae 197
>SenChB67 Salmonella Choleraesuis SC-B67
>SenCT18 Salmonella Typhi CT18
>SenLT2 Salmonella Typhimurium LT2
>SenPA9150 Salmonella Paratyphi_A ATCC9150
>SenTy2 Salmonella Typhi Ty2
>Sfl2457T Shigella flexneri 2457T
>Sfl301 Shigella flexneri 301
>Sso046 Shigella sonnei 046
>Wbrevi Wigglesworthia brevipalpis
>YP91001 Yersinia pestis 91001
>YPCO92 Yersinia pestis CO92
>YPKIM Yersinia pestis KIM
>Ypt32953 Yersinia pseudotuberculosis IP32953