Maintenant faites un blastx

X signifie: votre séquence traduite dans les 3 cadres de lectures contre des banques protéiques et des banques ADN elles aussi traduitent dans les 3 cadres.

De quelle espèce provient cette protéine, et comparer à votre protéine prédite. Vous pouvez utilisez le serveur Taxonomy. Relation plausible?

Quelques règles d’interprétations des résultats de Blast

• Il faut garder à l’esprit que la signification statistique ne reflète pas forcément la
signification biologique et inversement!
• En générale, lorsque l’alignement est fait sur au moins 70% de la séquence:
• 30 <ID <=50 Séquences faiblement similaires
• 50 <ID <=70 Séquences similaires
• 70 <ID <=100 Séquences fortement similaires
• -On peut déjà parler de séquences homologues au delà de 70% de similarité,
• mais cela reste à confirmer par d’autres hypothèses : présence de motifs communs,
• etc….
• -Si la Evalue est très faible (<10-20), c’est probablement le signe d’une similarité entre
les séquences.
• Mais, il ne faut jamais se fier uniquement à la Evalue.

Il faut maintenant déterminer exactement ou commence la protéine.